Умер Иона неожиданно, 36-летним, в расцвете творческих сил. В этом тоже сказалось сурово-аскетичное отношение владыки к самому себе. Заболел ангиной, а врачей не позвал,  прибегнул к распространенному тогда народному средству – стал полоскать горло керосином. Да видно керосин был неочищенный, произошло заражение крови. Ни сам Иона, ни его близкие не придали значения признакам смертельной болезни. А когда позвали врача, было уже поздно. 

«Неужели уж так скоро мой конец?» - спросил владыка. Пульс в это время доходит до 160 с перебоями, температура 39,8°. Врач утвердительно кивнул головой. Иона стал готовиться к исповеди и причастию. Надевая мантию, сказал: «Что ж, пора собираться». Разоблачившись, ещё смог сесть к пишущей машинке и сам напечатал завещание: «Не оставляйте детишек. Да не забывайте в своих святых молитвах, напишите в помянничек...»  Окончив с этим, взял требник и стоя прочитал себе канон на исход души, врач только слегка поддерживал его сзади. С полным самообладанием стал прощаться с присутствовавшими…

Всю эту ночь храм был полон народом. Уже тогда один из проповедников назвал почившего пастыря «святителем Маньчжурской земли». На похороны пришло всё население города без различия вероисповедания, людское половодье заполнило церковь и площадь. Завещания владыки, отпечатанного в трёх тысячах  экземпляров, не хватило и половине присутствовавших. Обильными слезами проводили его «в путь всея земли» осиротевшие дети горячо любимого им приюта. Погребли владыку за алтарем храма.

Ещё до погребения по городу пошли слухи о чуде - исцелении отрока, случившемся в ночь кончины Ионы. Лечивший владыку доктор В. В. Ляпустин рассказал, что десятилетний мальчик Николай Дергачев четыре месяца болел обезображивающим воспалением обоих коленных суставов. В начале болезни около двух месяцев доктор лечил его сам, а затем, когда боли уменьшились, он передал его для лечения массажем своей фельдшерице Беловой. За день до смерти владыки она посетила больного Колю. Ноги его оставались полусогнутыми в суставах, стоять, а тем более ходить, он не мог. И вот в ночь кончины Ионы мальчик увидел под утро сон: входит к нему владыка и говорит: "Возьми мои ноги, они мне больше не нужны, а свои больные отдай мне". Мальчик проснулся, встал и пошел на кухню, крича: "Мама! Мама! Отвори двери!". Мать, слыша крик, бросилась к двери и увидела идущего на своих ногах сына. Коля рассказал матери сон и описал владыку, его одеяние, то самое, в котором и был похоронен усопший. Впоследствии мать привела его к вечерней панихиде в церковь и там рассказала о случившемся. Начали расспрашивать мальчика, видал ли он владыку прежде. Он отвечал, что видел, но помнит плохо. Когда принесли портрет, Коля вскрикнул: "Он! Он!" «Я немедленно отправил к Коле фельдшера Белову для осмотра и она подтвердила, что мальчик не только ходит, но уже и бегает, не ощущая болей», - записал доктор Ляпустин.
Скончался Николай Дергачев летом 1994 года в России, в г. Кургане почти 80-летним стариком.

Спустя несколько лет по кончине святителя в Харбине вышел сборник с описанием случаев благодатной помощи по его молитвам. К могиле Ионы началось паломничество, пред ней служились молебны, не умолкали рассказы об исцелениях. Но в пятидесятых годах русская эмиграция в Китае фактически прекратила своё существование: большая её часть попала в СССР, немало семей выехали в Австралию, Канаду, США. И опустела Маньчжурия… Иннокентьевский собор был взорван в 1964 году.

         В 1994 году в США «Общество бывших маньчжурцев», среди которых было немало питомцев приюта епископа Ионы, вознамерилось обрести его останки, чтобы перенести их в Свято-Троицкий монастырь в Джорданвилле. По поручению общества в Китай отправилось несколько добровольцев. Они добились разрешения властей на вывоз останков владыки и в июле того же года приступили к раскопкам на месте погребения у алтарной стены уничтоженного собора. Однако мощи найти не удалось. 

Но память о житии, подвиге и кончине владыки не угасла. 13 сентября 1996 года Архиерейский Собор Русской Зарубежной Церкви вынес определение о церковном прославлении Ионы Ханькоуского и Маньчжурского. Таинство было совершено 20 октября того же года, в день  кончины святителя.