Жизнь святителя с самого начала похожа на житие. Крестьянский сын Владимир родился 17 апреля 1888 г. в Козельском уезде Калужской губернии. Восьми лет лишился отца и матери. Сельский дьякон усыновил сироту, дал ему свою фамилию - Покровский. Позаботился об устройстве в духовное училище, а затем в Калужскую семинарию, после окончания которой способному юноше открылись двери Казанской духовной академии. На третьем курсе он принял монашество с именем Ионы. После блестящего окончания академии Иону оставляют в стенах "альма-матер" приват-доцентом. Но начинается война с Германией – и полный патриотических чувств иеромонах Иона идёт в действующую армию военным священником. Участвует в крупной боевой операции, известной как «Брусиловский прорыв».

После Февральской революции и последовавшего развала русской армии о. Иона возвращается в Казань, в свою академию. Но в мае 1918 г.  попадает в сети ЧК, как контрреволюционер, якобы уличённый в пропаганде монархизма. Чудом бежав из заточения, он пробирается в Пермь, но там снова оказывается в руках комиссаров. Избитого до полусмерти, искалеченного Иону бросают в тюрьму, а затем вместе с другими заключёнными этапируют железной дорогой и далее на пароходе в Тюмень, на суд «революционного трибунала». На шестой день плавания пароход отбили войска сибирского правительства, только что занявшие Тобольск.  Иона отправляется в Омск с твердым намерением участвовать в борьбе за освобождение страны от большевиков. С согласия адмирала Колчака он приступает к формированию «дружин Святого Креста». Но вскоре получает назначение на должность главного священника Отдельной Оренбургской армии атамана Дутова.

В начале 1920 г. небольшой отряд казаков, разъединенный с основными силами, отступает под натиском красных по Средней Азии  к китайской границе. «В февральские и мартовские холода, без запаса пищи и фуража, отряд преодолел оледеневший перевал Кара Сарык, - повествует одно из зарубежных казачьих изданий.  - Обессилевшие люди и кони, следуя по снегу и горным карнизам, срывались в пропасти. Сам атаман перед границей был спущен на канате с отвесной скалы почти без сознания. С горстью удальцов  прошёл через перевалы и отроги Памира и о. Иона, зачастую руками с ободранной кожей хватаясь за выступы обледенелых скал и редкий кустарник".
«Горсти удальцов» посчастливилось, преодолев смертельные опасности, уйти вглубь Китая и через пустыню Гоби добраться до Шанхая.
Здесь Иона, определённый настоятелем Иннокентьевского миссионерского собора, преподавал в организованной по его инициативе местной семинарии, в которой училось немало и китайских юношей. Ещё в Шанхае началась благотворительная деятельность Ионы: он основывает детский приют и  столовую для голодающих, амбулаторию с бесплатной медицинской помощью. В сентябре 1922 г. Иона возведён в сан епископа Тяньцзинского (позднее переименованного в Ханькоуского) и назначен викарием Пекинской миссии. Ему предстоял путь в Маньчжурию.